Hermann Pister byl obviněn z účasti na „společném plánu“, na porušení válečných zákonů a zvyklostí Haagské úmluvy z roku 1907 a třetí Ženevské úmluvy z roku 1929, týkající se práv válečných zajatců. Pister při svém stíhání tvrdil, že neví, co je to Haagská úmluva, a dodal, že to nebyl on, kdo všechny ty lidi do Buchenwaldu přivedl. Popřel, že by věděl o existenci vyhlazovacích táborů, a snažil se soud přesvědčit, že na rozdíl od svého předchůdce Karla Otto Kocha se snažil zlepšit životní podmínky vězňů například tím, že vydal nařízení, podle kterého mělo být špatné zacházení s vězni co nejpřísněji trestáno. Jeho lži mu však nepomohly uniknout spravedlnosti!
