V devatenácti letech vstoupil do litoměřického semináře. Ještě při studiu otevřeně vystoupil proti kolaborantskému hnutí Pacem in Terris a hrozilo mu, že nebude vysvěcen. Podepsal Chartu 77 a od roku 1979 se angažoval ve VONSu. Ve stejném roce mu byl odebrán státní souhlas pro provozování duchovní činnosti a byl zatčen a vězněn sedm měsíců. V letech 1981-1982 byl Václav Malý mluvčím Charty 77 a tajně vykonával kněžskou činnost. Absolvoval nespočet brutálních výslechů a znovu mu hrozilo vězení. Během Sametové revoluce byl mluvčím OF a moderoval masové protikomunistické demonstrace v Praze. Vrátil se k veřejné duchovní činnosti a v roce 1997 přijal biskupské svěcení.
